On écrit :
--> argent comptant et deniers comptants = payés sur l'heure et en espèces.
--> Opérations de bourse au comptant: réglées immédiatement.
-->Comptant peut aussi être un adverbe et donc invariable: régler comptant, payer comptant
Dans votre phrase, je dirais qu'on écrit sans accord :
--> Il m'a payé 1000 € comptant. ( = au comptant)
mais je pense qu'on peut aussi écrire:
--> 1000 € comptants
J'accepterais les deux solutions.